De verhaallijn van Prototype 2 gaat enigszins verder op die van Prototype, maar er zit wel een poos tussen de gebeurtenissen en omdat die blijkbaar niet in het spel worden uitgediept (of toch niet verregaand), zal men een comicreeks gebruiken om alles aan elkaar te rijgen.
Dark Horse Comics zal ons vanaf 15 februari onderdompelen in de Prototype 2-wereld met 3 verhalen (The Anchor, The Survivors en The Labyrinth) die elk een onderdeel van het achtergrondverhaal uit de doeken moeten doen. Het wordt dus een mooie stapsgewijze introductie om uiteindelijk vanaf 24 april met Prototype 2 aan de slag te kunnen.
