Er was wat onenigheid over wie nu juist de rechten op Duke Nukem bezitte. Gearbox Software, van Borderlands, vond dat het de eigenaar was, terwijl 3D Realms nog altijd opperde eigenaar te zijn. Een rechtszaak moest uitsluitsel brengen en dat is bij deze ook gebeurd.
Daarbij kwam het uiteindelijk tot een bemiddelde oplossing met als resultaat dat Gearbox de “volledige en rechtmatige eigenaar is van de Duke Nukem-franchise”. Er was namelijk ruzie ontstaan toen Duke Nukem Mass Destruction werd ontwikkeld, iets wat Gearbox niet wou, maar wel door 3D Realms werd goedgekeurd. Beide partijen zijn nu echter gewoon gefocust op Duke Nukem als franchise en 3D Realms heeft aangegeven dat het inderdaad beter is dat de franchise bij 1 partij zit en dat men uitkijkt naar wat Gearbox nog gaat doen met de franchise. Wat er allemaal net is afgesproken binnen de bemiddelde oplossing is niet bekendgemaakt.
